Zu den wichtigen Sonderorganisationen der Vereinten Nationen gehören die Welthandelsorganisation (WTO/World Trade Organization) und die Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation (FAO/Food and Agriculture Organization). Die Welthandelsorganisation hat ihren Sitz in Genf und ging aus der Organisation des Allgemeinen Zoll- und Handelsabkommens GATT im Jahr 1995 hervor. Die WTO ist eine der wichtigsten Organisationen bei internationalen Handelsabkommen und -konflikten. Die WTO hat 148 Mitgliedsländer, moderiert und koordiniert die Wirtschaftsbeziehungen der Länder, die auch immer von nationalen ökonomischen Interessenlagen geprägt sind. Die Welthandelsorganisation berät auch die Mitgliedsländer bei der internationalen Handelspolitik. Vor allem auch mit anderen Sonderorganisationen wie der Weltbank wird die Handels- und Entwicklungspolitik für die Entwicklungsländer koordiniert. Bei Streitfällen in Handelsabkommen der WTO gibt es das Gremium: Dispute Settlement Body. Das WTO-Gremium besteht aus Repräsentanten aller Mitgliedsländer. Kommt es zu einem angezeigten Handelsvertragsverstoß, so kann da Gremium von jedem Mitgliedsland angerufen werden und es setzt dann ein Schlichtungsverfahren in Gang, das Dispute Settlement Understanding genannt wird. Dieses Schlichtungsverfahren kann nur von Staaten wahrgenommen werden und nicht von Wirtschaftsorganisationen oder Unternehmen. Wie üblich gibt es in der EU hierzu eine gesonderte Verordnung: die Verordnung zur Festlegung der Verfahren der Gemeinschaft im Bereich der gemeinsamen Handelspolitik zur Ausübung der Rechte der Gemeinschaft nach internationalen Handelsregeln, insbesondere den im Rahmen der Welthandelsorganisation vereinbarten Regeln. (Nr. 3286/94)
Wird das Verfahren eingeleitet, so muss die betroffene Gegenpartei innerhalb von 30 Tagen ernsthafte Verhandlungen aufnehmen, um den Handelskonflikt zu befrieden. In der Regel werden dann konfliktlösende Verhandlungen durchgeführt. Ein nächster möglicher Schritt zur Konfliktlösung ist das Anrufen eines neutralen Panels, das als Gremium aus Mitgliedern wie Professoren und Diplomaten besteht, die sich in der Handelsmaterie auskennen. Die Mitglieder dieses Panels kommen nicht aus den betroffenen Ländern. Ist der Konflikt nicht nach 60 Tagen durch die Verhandlungen befriedet, so kann ein Land dieses Panel einfordern. Nur durch einstimmigen Beschluss aller Mitgliedsländer kann das Panel verhindert werden, was in der Regel nicht passiert. Das Panel kann unter anderem festlegen, ob ein Vertragsbruch vorliegt, der unter anderem den Maßstab der Wiener Vertragsrechtskonvention verletzt. Rechtsmittel gegen den anerkannten Verstoß kann das betroffene Land an einem der mächtigsten Gerichte der Welt einlegen: dem Appellate Body - das Berufungsgremium der WTO. Wurde eine Vertragsverletzung seitens eines Mitgliedslandes letztendlich festgestellt und das Land löst diesen Handelskonflikt nicht auf, so kann die WTO mit Instrumenten wie Strafzöllen im Welthandel agieren. In den ersten zehn Jahren nach Gründung der WTO wurden über 300 Dispute Settlement Bodys durchgeführt. Die EU ist in der WTO neben den Mitgliedsländern ein eigenständiges Mitglied, das die Handelsinteressen der EU seitens der WTO vertritt. Grundlage der Handelspolitik der EU ist die verabschiedete Gemeinsame Handelspolitik der EU. Seitens der WTO ist der Kommissar für Außenhandel der höchste Interessenvertreter der EU in internationalen Handelsfragen.
Überaus wichtig ist die Welthandelsorganisation vor allem für die Entwicklungsländer. Zwei Drittel der Mitglieder zählen zu diesen ärmeren Ländern. Es gibt keine einheitliche Definition zum Entwicklungslandstatus. Jedes Land kann sich theoretisch zum Entwicklungsland “ernennen”, was jedes andere Land wiederrum anzweifeln kann. Ärmste Länder, die von der UN einen besonderen sozialökonomischen Status erhalten, werden als Least Developed Countries in der WTO geführt. Der größte Teil der Least Developed Countries kommt aus Afrika. Es gibt in der WTO bestimmte wirtschaftspolitische Zusammenschlüsse der ärmeren Länder, zum Beispiel die Afrikanische Union oder die Gruppe der afrikanischen, karibischen und pazifischen Staaten (AKP-Staaten). Ökonomisch starke Entwicklungs- und Schwellenländer wie China, Indien, Brasilien oder auch die Türkei sind in der Organisation G-20 vertreten. Vor allem auch das Thema Landwirtschaftsförderung wird von den G-20 in den Mittelpunkt der internationalen Verhandlungen gestellt. Ein überaus wichtiges Thema für G-20-Länder wie China oder Indien ist der Abbau der Handelsbeschränkungen zu den großen Konsummärkten in Nordamerika und der EU. Die G-20 werden heute als ernster Gegenspieler der führenden Welthandelsregionen wie den USA oder Europa gesehen. Verhandlungen, zum Beispiel über Subventionsabbau in der EU-Agrarpolitik mit den G-20, gestalten sich in einer inneren Wirtschaftslogik sehr schwierig. Immerhin repräsentieren die G-20 rund 70 Prozent der weltweiten Erzeuger für Agrarprodukte und spielen so im Welthandel eine immense Rolle.
In Themenkomplexen wie der Produktion und dem Handel mit landwirtschaftlichen Produkten spielt die UN-Sonderkommission, die Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation FAO, eine besondere Rolle. Die Food and Agriculture Organization der UN hat ihren Hauptsitz in Rom. Zu den wesentlichen Bereichen der Organisation gehören unter anderem die Informationsbereitstellung von globalen Ernährungs- und Nahrungsmittelberichten sowie die Entwicklungshilfe. Die FAO kommuniziert regelmäßig Berichte zu ernährungspolitischen Themen und auch Themen des Klimawandels, der im weltweiten Agrarrohstoffmarkt immer wichtiger wird. Derzeit sind 191 Mitgliedsländer in der FAO organisiert. Die Tätigkeiten der FAO sowie anderer UN-Spezialorganisationen koordiniert der Wirtschafts- und Sozialrat der Vereinten Nationen in New York. Unterstellte Gremien des Wirtschafts- und Sozialrats sind unter anderem auch die Kommission der Vereinten Nationen für Nachhaltige Entwicklung oder die Kommission für Wissenschaft und Technologie im Dienste der Entwicklung. Auch Regionalkommissionen wie die Wirtschafts- und Sozialkommission für Asien und den Pazifik sind untergeordnete Organisationen. Die FAO hat in der jüngeren Vergangenheit auch kritische Öffentlichkeiten zum Thema Grüne Gentechnik sensibilisiert. Die Züchtung und der Anbau transgener Pflanzen, zum Beispiel im Gen-Maisanbau, sind heute ein wichtiges Landwirtschaftsthema im weltweiten Agrarhandel. Vor allem auch die USA und China setzten vermehrt auf Gen-Pflanzen im Anbau (siehe Artikel Mais und Reis).